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filter

Filter QC SOAPnuke

SOAPnuke是针对FASTQ文件的过滤软件。主要针对原始下机数据进行以下过滤:去除含adapter的reads、含N比例过高的reads以及低质量reads,同时进行质量评估。

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hisat2_genome

Hisat2 Alignment

使用HISAT2对二代测序数据与参考序列进行比对分析。

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Genebang_RNAref-rep_Pipeline

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie rMATS NOISeq

基因帮有参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

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novel_transcripts

StringTie

使用StringTie软件将每个样本与基因组的比对结果进行潜在转录本的预测,对其进行去冗余,同时过滤掉与已知转录本有重叠的转录本后得到新的转录本集。 并运用Coding Potential Calc...

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Genebang_RNAseq-rep_Pipeline

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

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Genebang_RNAseq-norep_Pipeline

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq GO

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

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Genebang_RNAref-norep_Pipeline

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie NOISeq KEGG

基因帮有参转录组——标准分析流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

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snp_indel_pseudo

无标签

使用拼接的假染色体进行SNP,Indel检测,最终还原到原始参考序列的坐标。

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Genebang_Exome_Pipeline

DNA Variation

基于二代测序数据,可进行数据评估,比对统计,基因区域的SNP、InDel的鉴定,并对SNP、InDel同时用annovar,VEP数据库进行注释,最终生成完整分析报告。

基于二代全转录组测序数据,可进行数据质控评估,lncRNA精确鉴定,顺反式靶基因预测;mRNA与lncRNA定量,差异分析,GO,pathway富集分析;同时进行所有数据的SNP,InDel,AS等定...

基因帮微生物16S分析——标准分析流程。分析内容涵盖了数据过滤质控及统计,PE reads拼接,Tags聚类成OTU, OTU 物种注释, Alpha 多样性分析,Beta 多样性及聚类分 析,组间导...

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基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...

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基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...

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CAZy

无标签

This module is designed to assign deduced amino acid sequences using Carbohydrate-active enzymes dat...

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ARDB

无标签

This module is designed to assign deduced amino acid sequences using Antibiotic Resistance Genes Dat...

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VFDB

无标签

This module is designed to assign deduced amino acid sequences using Virulence Factors Database (VFD...

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