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Diff RNA DNA Alignment Expression Variation Enrichment Assembly Cluster Filter QC KEGG GO Pathway GATK SNP Indel RSEM Bowtie Bowtie2 Hisat2 rMATS Alternative splice NOISeq SOAPnuke Trinity Transcriptome StringTie kallisto kallisto target cis trans rRNA
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filter

Filter QC SOAPnuke

SOAPnuke是针对FASTQ文件的过滤软件。主要针对原始下机数据进行以下过滤：去除含adapter的reads、含N比例过高的reads以及低质量reads，同时进行质量评估。

基因帮
2016-12-12

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noiseq_diff

Expression Diff NOISeq

使用NOISeq进行基因表达差异比较分析。

基因帮
2016-12-15

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expression_rsem

Expression Bowtie2 RSEM

使用Bowtie2+RSEM进行基因和转录本表达定量分析。

基因帮
2016-12-19

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alternative_splice

rMATS

使用rMATS进行有参转录组可变剪切分析。

基因帮
2016-12-21

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enrichment_go

Enrichment GO

基因列表的GO显著性富集分析。

基因帮
2017-01-05

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snp_gatk3

Variation SNP Indel GATK

使用GATK进行SNP，InDel变异检测。

基因帮
2017-01-06

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assembly_Trinity

Assembly Trinity

对转录组二代测序数据进行从头组装分析。

基因帮
2017-01-10

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hisat2_genome

Hisat2 Alignment

使用HISAT2对二代测序数据与参考序列进行比对分析。

基因帮
2017-01-11

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enrichment_pathway

Enrichment KEGG Pathway

基因列表的KEGG Pathway显著性富集分析。

基因帮
2017-01-11

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novel_transcripts

StringTie

使用StringTie软件将每个样本与基因组的比对结果进行潜在转录本的预测，对其进行去冗余，同时过滤掉与已知转录本有重叠的转录本后得到新的转录本集。 并运用Coding Potential Calc...

基因帮
2017-01-11

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assembly_correction

无标签

基因帮
2017-02-10

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ssr

无标签

基因帮
2017-02-10