生信分析流程或模块

云平台已汇聚64个标准化分析流程和模块

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真核有参转录组(有生物学重复)

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie rMATS NOISeq

基因帮有参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

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真核有参表达谱(有生物学重复)

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

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真核有参表达谱(无生物学重复)

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq GO

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

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真核有参转录组(无生物学重复)

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie NOISeq KEGG

基因帮有参转录组——标准分析流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

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Genebang_Exome_Pipeline

DNA Variation

基于二代测序数据,可进行数据评估,比对统计,基因区域的SNP、InDel的鉴定,并对SNP、InDel同时用annovar,VEP数据库进行注释,最终生成完整分析报告。

基于二代全转录组测序数据,可进行数据质控评估,lncRNA精确鉴定,顺反式靶基因预测;mRNA与lncRNA定量,差异分析,GO,pathway富集分析;同时进行所有数据的SNP,InDel,AS等定...

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微生物16S分析

无标签

基因帮微生物16S分析——标准分析流程。分析内容涵盖了数据过滤质控及统计,PE reads拼接,Tags聚类成OTU, OTU 物种注释, Alpha 多样性分析,Beta 多样性及聚类分 析,组间导...

基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...

基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...