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Diff RNA DNA Alignment Expression Variation Enrichment Assembly Cluster Filter QC KEGG GO Pathway GATK SNP Indel RSEM Bowtie Bowtie2 Hisat2 rMATS Alternative splice NOISeq SOAPnuke Trinity Transcriptome StringTie kallisto kallisto target cis trans rRNA

基因帮有参RNA-seq测序表达定量标准分析流程。(有生物学重复)

基于Illumina双端测序原始数据,首先进行数据的清洗过滤,包括去除低质量的reads和宿主污染等。得到的Clean reads进一步进行拼接、基因预测和去冗余。将预测得到的ORF进一步利用NR、K...

基于Illumina双端测序原始数据,首先进行数据的清洗过滤,包括去除低质量的reads和宿主污染等。得到的Clean reads进一步进行拼接、基因预测和去冗余。将预测得到的ORF进一步利用NR、K...

p

DNA重测序

DNA GATK SNP Indel Filter

p

真核有参转录组(有生物学重复)

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie rMATS NOISeq

基因帮有参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...

基于二代全转录组测序数据,可进行数据质控评估,lncRNA精确鉴定,顺反式靶基因预测;mRNA与lncRNA定量,差异分析,GO,pathway富集分析;同时进行所有数据的SNP,InDel,AS等定...