分析流程首页-基因帮

Diff RNA DNA Alignment Expression Variation Enrichment Assembly Cluster Filter QC KEGG GO Pathway GATK SNP Indel RSEM Bowtie Bowtie2 Hisat2 rMATS Alternative splice NOISeq SOAPnuke Trinity Transcriptome StringTie kallisto kallisto target cis trans rRNA

真核有参表达谱（有生物学重复）

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

基因帮
2017-01-12

真核有参表达谱（无生物学重复）

RNA Transcriptome SOAPnuke Bowtie2 RSEM NOISeq GO

基因帮有参转录组——定量分析标准流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析。

基因帮
2017-01-12

真核有参转录组（无生物学重复）

RNA Transcriptome Hisat2 GATK StringTie NOISeq KEGG

基因帮有参转录组——标准分析流程(无生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、基因组比对情况分析、基因定量分析、差异表达基因筛选、基因表达聚类分析、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、新转...

基因帮
2017-01-12

Pipeline_SNP_Expression_AS_NovelTR

RNA SNP Alternative splice Expression

基因帮
2017-02-08

Genebang_Exome_Pipeline

DNA Variation

基于二代测序数据，可进行数据评估，比对统计，基因区域的SNP、InDel的鉴定，并对SNP、InDel同时用annovar，VEP数据库进行注释，最终生成完整分析报告。

基因帮
2017-03-13

长链非编码RNA标准分析

RNA

基于二代全转录组测序数据，可进行数据质控评估，lncRNA精确鉴定，顺反式靶基因预测；mRNA与lncRNA定量，差异分析，GO，pathway富集分析；同时进行所有数据的SNP，InDel，AS等定...

基因帮
2017-04-18

微生物16S分析

无标签

基因帮微生物16S分析——标准分析流程。分析内容涵盖了数据过滤质控及统计，PE reads拼接，Tags聚类成OTU， OTU 物种注释， Alpha 多样性分析，Beta 多样性及聚类分析，组间导...

基因帮
2017-05-03

无参转录组标准分析（有生物学重复）

RNA Transcriptome

基因帮无参转录组——标准分析流程(有生物学重复)。分析内容涵盖了原始数据过滤统计、组装、基因功能注释、CDS预测、基因定量分析、差异表达基因筛选、差异表达基因的GO/Pathway富集分析、SSR分析...

基因帮
2017-01-11

无参转录组标准分析（无生物学重复）

RNA Transcriptome

基因帮
2017-01-11